De Familie Frank woonde nu al een tijd in Nederland. Anne en Margot gingen naar school, Otto had zijn eigen bedrijf en Edith zorgde voor het huis. In 1940 veranderde alles. In 1940 moest iedereen zich melde en registreren. Joods of niet Joods dat maakte niet uit. Er kwamen steeds meer maatregelen tegen de Joden en Zigeuners. In 1940 verloor Nederland de oorlog tegen Duitsland. Nederland was in macht van Duitsland. Op 29 juni stond er in de Nederlandse kranten dat de Duitse bezetters besloten hadden om alle joden en zigeuners over te brengen naar werkkampen. Er waren verschillende werkkampen. In Nederland hebben wij een werkkamp, Westerbork dit ligt in Drenthe. In polen ligt Auschwitz. In Duitsland liggen Bergen-Belsen, Buchenwald en Dachau. Margot was de eerste die te horen kreeg dat zij naar een werkkamp moest. Anne hoorde van haar vader dat ze gingen onderduiken, achter het bedrijfsgebouw aan de Prinsengracht stond een kleiner huis aangebouwd. Het heette het Achterhuis, het behoorde bij het bedrijf van Opekta waar Otto Frank Directeur was. Op 6 juli 1942 verstopten zij zich in dat huis. Veel zigeuners en joden besloten om ook te gaan onderduiken. Ze hoopte uit handen te blijven van de Duitsers. Ook de vader en moeder van Anne Frank moesten een onderduikhuis zien te vinden. Er was namelijk een bericht gekomen dat Otto Frank zich moest melden bij de Duitsers om te werken in een werkkamp. Samen met Herman van Pels, Auguste van Pels en hun zoon Peter van Pels doken ze onder in het Achterhuis. Later kwam er nog iemand bij, Fritz Pfeffer. Door de week werkte er mensen in het bedrijf van Otto Frank. Zij mochten niet te weten komen dat er mensen in het achterhuis waren ondergedoken. Er waren vier mensen die het echter wel wisten, en zij hielpen de onderduikers. Miep Gies, Bep Voskuijl, Johannes Kleiman en Victor Kugler. Miep Gies had een belangrijke rol voor de onderduikers. ZIj zorgde voor schoolboeken, ze maakt gordijnen om voor de ramen te hangen. De onderduikers moesten heel stil zijn. Als je werd ontdekt was de straf dat je naar een concentratiekamp ging. Niemand wist hoelang de oorlog zou duren.Anne had haar grootte vriendin altijd bij zich. Kitty haar dagboek. Zij schreef hier elke dag in, alle gebeurtenissen stonden er in.

Anne Frank en de andere onderduikers dachten dat de Duitsers hen niet zouden vinden. Ze waanden zich veilig in het huis aan de Prinsengracht. Maar op 4 augustus 1944 werd de schuilplaats helaas ontdekt. Degene die hen arresteerde heette Karl Silberbauer. Ze waren verraden, we weten alleen niet door wie. De onderduikers hadden er toen ruim twee jaar gezeten. Ze waren er namelijk op 6 juli 1942 gekomen.

Kort nadat de familie Frank gevangen was genomen, werden er in het Achterhuis Annes dagboek en andere schriften gevonden door Miep Gies en een paar andere medewerkers van haar vaders bedrijf, die ze meenamen. Alle 8 onderduikers gingen naar de gevangenis, op 8 augustus werden ze naar kamp Westerbork gebracht, vanaf daar werden ze getransporteerd naar Auschwitz. Dat was voor Anne de laatste keer dat ze haar vader heeft gezien.

Anne Frank werd door de Duitsers vanaf Auschwitz naar het concentratiekamp Bergen-Belsen gebracht, samen met haar oudere zus Margot. Dat kamp lag tussen de steden Hamburg en Hannover. Anne Frank stierf daar, in maart 1945, een dag na haar zus Margot. Ze was toen bijna 16 jaar oud. Ze was ziek en omdat er geen medicijnen waren en ze door honger was verzwakt, overleed ze. Haar moeder werd vergast in Auschwitz, en haar vader overleefde de oorlog.